То есть задирая зад скутера, мы лишаемся центральной подножки, правильно?

В целом да. Но, смотря на сколько задираем.
У меня стелсальфа и кетаец регги при постановке на центральную подножку подпрыгивали примерно на 5 см, и у регги я делал новую подножку, она получилась короче штатной на 3-4 см. Теперь не надо прилагать аццких усилий.
Так что немного можно.... и даже полезно.

...Если ставить проставку, то центр не достает до земли см 2-3, значит мне как минимум подножку нужно увеличивать см на 5-7.

А я думаю что что то в теме сильно преувеличено, у меня такой же двиг и когда скут стоит на центральной колесо поднято см на 10, если поставить эту покупную проставку, которая на вид не больше 3 см добавит, то колесо все равно останется висеть в воздухе.
Крепление подножки и двигателя если память не изменяет на одной оси, значит при подъеме ухода не будет, крепление аморта см 10 от оси колеса, получается 30 градусный график, то есть 1/3 к 2/3, +3см = на 6 опустится, а в стоке 10.