Что-то нитак подсоединили. От замка зажигания к коммутатору идет глушащий провод , обычно он черно-белого цвета. Сигнализация во время запуска должна "разрывать" его. Т.е. чтобы заработал коммутатор на входе этого провода в коммутатор должна пропасть "масса". Проследи этот провод от коммутатора до замка. Он должен обязательно пройти через цепь сигнализации. Если он минует сигнализацию, то нужно ставить дополнительное реле на этот провод и управлять им с сигнализации. Возможно один из свободнызх проводков для этого и нужен. по крайней мере при запуске на этом проводке должно появляться либо напряжение +12В, либо "масса".